1. Der Beginners-Cup

Zu Beginn des Spiels bekommt Ihr eine Sequenz zwischen Kaiba, Mokuba und einem Angestellten der Kaiba-Corp mit, in der es ein merkwürdiges Problem mit einem Computer gibt, das sich von selbst löst. Beantwortet danach die Frage bzgl. Eures Decktyps und gebt Euren Namen sowie Eure Herkunft an. Hier eignet sich "Domino" am besten, da auch die Geschichte im Anime dort spielt. Ihr erhaltet Euer Deck sowie Eure Duel-Disk und könnt Euch alternativ die Regeln erklären lassen. Außerdem erfahrt Ihr, dass sich der Sieger des anstehenden Beginner-Cups für den Experten-Cup qualifiziert.

Duelliert Euch nun auf der Karte gegen die Anfangs-Gegner Mokuba, Tea, Bakura, Yugi und Joey. Eines Nachts solltet Ihr Yami-Yugi finden, damit er Euch darauf aufmerksam macht, dass es nachts draußen gefährlich ist. Dies schaltet die neuen Duellanten Bonz, Serenity, Rex Raptor, Mako, Weevil, Trusdale und Espa Roba frei. Am nächsten Morgen erhaltet Ihr von der Kaiba-Corp eine Bestätigungs-E-Mail. Von nun an werdet Ihr nachts von Zufalls-Gegnern angegriffen, die sogenannte Schattenspiele spielen. Verliert Ihr dieses, geht ihr Game Over und startet vom letzten Speicherpunkt. Dabei handelt es sich um die Paradox-Brüder Dox und Para. Nach einigen Siegen gegen Dox, der zuerst auftaucht, werdet Ihr eines Nachts von Yami-Yugi über Schattenspiele aufgeklärt. Am nächsten Tag findet Ihr oben rechts auf der Karte ein verschlossenes Gebäude. In der folgenden Nacht greift Euch Dox an und Ihr hört einen Schrei von Serenity; begebt Euch zum verschlossenen Haus, um gegen Dox in einem Schattenspiel antreten zu können. Nach Eurem Sieg und der damit verbundenen Befreiung Serenitys kommen auch ihr Bruder und Joey und Yami-Yugi dazu. Letzterer klärt Euch darüber auf, dass die Paradox-Brüder für Pegasus arbeiten.

Eines Nachts wird Euch der andere Paradox-Bruder, Para, angreifen. Am folgenden Morgen betritt Mokuba Euer Haus (AB DUELLANTEN-STUFE 8), um Euch an die bevorstehende Beginners-Cup-Finalrunde zu erinnern. Einen Tag später werdet Ihr automatisch zum Turnierfinale gehen. Nach der Eröffnungsfeier könnt Ihr Euch oben im Foyer mit Mokuba und unten mit Trusdale duellieren; in der Umkleidekabine warten Tea und Serenity auf ein optionales Duell. Im KC-Shop könnt Ihr Euch für Eure KC-Punkte Booster-Packs kaufen oder abspeichern. Begebt Euch dann links zu Roland, um das erste Halbfinale zu bestreiten. Dabei tretet ihr im Matchduell an, was heißt, dass Ihr zwei Siege braucht, um eine Runde weiter zu kommen. Nach Eurem Halbfinal-Sieg könnt Ihr beim KC-Shop erneut abspeichern und Euch dann zum Finale begeben.

= > Halbfinale: vs. Joey

= > Finale: vs. Yugi Muto