Das Spiel beginnt mit einem Computer-Problem in der Kaiba-Corp, an das man sich später kaum noch erinnert. Es wird auch niemals aufgeklärt, was es mit diesem Duell-Ring-Problem auf sich hat. Allerdings erfährt man später von Noahs Plänen, der sich an Kaiba rächen will. Es ist davon auszugehen, dass er sich in das System der Kaiba-Corp einschlich, um später im Spiel alle Finalisten des Experten-Cups in seine Welt ziehen zu können. Außerdem stehen die ersten bösen Zufallsgegner (Paradoxbrüder, Pegasus) alle unter seiner Kontrolle, wie sich herausstellen wird.

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