Hinweis: Die Missionsnamen beziehen sich auf jene in eurem Auftragslog im Menü und nicht auf die angezeigten in der Abschlussbesprechung.

Der Serie ganz treu geblieben übernehmt ihr zuerst eine kleine Nebenhandlung die euch die Geschehnisse zwischen Teil 3 und 4 genauer beleuchten soll. Ihr landet zusammen mit euren alten Anhängern der Saints mitten in einer Wüste um euren alten Rivalen Cyrus Temple zu finden. Dieser versteckt sich in einer schwer bewachten Anlage in die ihr auch sogleich eindringen müsst.

Folgt den Saints zunächst durch den Tunnel und schaltet den Terroristen durch die angegebene Markierung aus. Darauf folgend kommt gleich ein weiterer den ihr am besten von der linken Seite aus, hinter einer Säule versteckt, ohne weitere Schüsse eliminieren könnt.

Sobald Asha das Tor vor euch geöffnet hat werdet ihr von einer Reihe Feinde attackiert derer ihr euch durch die roten Fässer in der Nähe schnell entledigen könnt.

Folgt dem Weg weiter bis Pierce euch eine zweite Route freimacht. Schaltet auch hier wieder alle Gegner aus, die sich hauptsächlich hinter der Deckung verkriechen. Weiter vorn teilt sich die Crew dann auf und ihr kommt zu einem großen Raum bei dem es eure erste Aufgabe ist den Gegner mit dem Raketenwerfer durch die oben befindlichen roten Fässer auszuschalten. Die anderen um ihn herum kann man durch den Weg nach links leicht austricksen da sich das Sperrfeuer auf eure Begleiter auslegt und ihr um die Deckungen herumschleichen könnt. Anschließend geht ihr nach oben um eine Tür in Zeitlupe aufzutreten und die Gegner dahinter auszuschalten. Konzentriert euch dabei zuerst auf die rechts da sie zuerst feuern werden.

Ein Stück weiter trefft ihr auch sogleich auf Cyrus den ihr durch die angezeigten Tasten schnell erledigt habt. Zum Schluss folgt noch ein kurzer Rennabschnitt sowie eine Kletter- und Ausweichszene die euch direkt zum Präsidenten der Nation macht.