In Prototype schlüpft ihr in die rolle von Alex Mercer, einem Mutanten mit besonderen Fähigkeiten. Dabei lassen sich, ähnlich wie in Rollenspielen, die Fähigkeiten von Alex aufrüsten und neue Fertigkeiten erlernen. Der "Kauf" der neuen Fertigkeiten erfolgt dabei mit Erfahrungspunkten, die ihr für das Erfüllen von Missionen, Nebenaufgaben sowie das Erledigen von Gegnern bekommt. Ihr solltet daher immer wieder im entsprechenden Menü nachsehen, ob ihr euch schon wieder eine neue Fertigkeit leisten könnt, da ihr nur dann wirklich eine Chance gegen die zahlreichen Gegner habt, wenn ihr euren Alex permanent "aufrüstet".