Um in Alpha Protocol auf den schwierigsten Graden zu bestehen ist es unabdingbar sich für bestimmte Skills zu entscheiden.

Auch wenn es die Möglichkeit gibt sich mit Waffengewalt durchzuschlagen ist vorallem in den späteren Einsätzen, diese Strategie mit viel Schaden verbunden. Selbst mit höchster Panzerung und Skills kann es schwierig werden. Besser und eleganter ist es sich auf das Schleichen zu verlassen. Die meisten Bereiche sind so gestrickt, dass man die Gegner einfach im Stillen ausschalten kann. Hierbei gibt es einige Kniffe zu beachten: